O Laboratório de Microscopia Eletrônica e Análise Ultraestrutural (LME), da UFLA é um laboratório multiusuário, que fornece serviço especializado na área de microscopia de luz, eletrônica, microanálise de raios X, e mais recentemente adquiriu equipamentos para atuar com as microscopias de força atômica e Raman. Este foi idealizado em meados dos anos 70 com o apoio do programa BID/PROCENSUL. Em 1982 foi importado por meio da EPAMIG/EMBRAPA/ESAL o Microscópio Eletrônico de Transmissão (MET), Mod. EM-109 da Zeiss e alguns acessórios para preparação de amostras para MET. Este aparelho foi montado, definitivamente, em 1986 no Departamento de Fitopatologia da antiga ESAL, hoje Ufla e vários trabalhos envolvendo a MET foram realizados até 1996, porém com limitações devido à falta de técnicos especializados. Em 1997 um professor foi contratado para área de Microscopia Eletrônica e em 2002 o LME foi consolidado, através da resolução nº 007 do CUNI UFLA, como uma das Unidades Centrais Multiusuárias de Apoio à Pesquisa, vinculadas à Pró-Reitoria de Pesquisa (PRP). Em 2003 foram realizadas a reforma e a modernização do MET (Zeiss EM 109) e a reforma do ultramicrótomo (com o apoio da FINEP - INFRA I). Em 2003, com recursos da FINEP (INFRA II) foram adquiridos: o microscópio eletrônico de varredura (MEV) LEO Evo40 e aparelhos acessórios para preparação de amostras para MEV. Desde então, com o retorno do Prof. Eduardo Alves, Coordenador do Laboratório, do seu doutoramento na área de Microscopia Eletrônica, na ESALQ/USP em Piracicaba com bolsa sanduíche do CNPq na The University of Georgia, o LME vem atendendo usuários de 22 programas de Pós-Graduação da UFLA (AGRONOMIA (ENTOMOLOGIA), AGROQUIMICA, AGRONOMIA (FITOTECNIA), AGRONOMIA (FITOPATOLOGIA), AGRONOMIA (FISIOLOGIA VEGETAL), BIOTECNOLOGIA VEGETAL, BOTÂNICA APLICADA, CIÊNCIAS DOS ALIMENTOS, CIENCIA DO SOLO, CIÊNCIA E TECNOLOGIA DA MADEIRA, CIENCIAS VETERINARIAS, ENGENHARIA AGRÍCOLA, ECOLOGIA APLICADA, ENGENHARIA FLORESTAL, ENGENHARIA DE BIOMATERIAIS, FÍSICA, MICROBIOLOGIA AGRÍCOLA, GENÉTICA E MELHORAMENTO DE PLANTAS, PLANTAS MEDICINAIS, AROMÁTICAS E CONDIMENTARES e ZOOTECNIA) e de outras instituições de ensino, pesquisa e extensão, além de parceiros privados. O LME, além da FINEP, tem recebido apoio da CAPES, CNPq, FAPEMIG e da própria UFLA, como descrito a seguir: com recursos da CAPES (Edital: Equipamentos de alto custo para a pós-graduação) foram adquiridos em 2008, um microscópio de Epifluorescência com sistema APOTOME, com microscópio invertido da Carl Zeiss; um estereomicroscópio de fluorescência NIKON, em 2010; um microscópio de epifluorescência vertical em 2011; um ultramicrótomo Leica UC7 e um Aparelho Triming Leica EM TRIM2, 2013. Em 2010 com recursos da FAPEMIG foram adquiridos um Sistema de Microanálise de Raios X e em 2012 um Sistema de Criotransferência e Criobservação de amostras no MEV Evo 40. Recursos da FAPEMIG também foram conseguidos, em projetos de manutenção de grandes equipamentos (2006, 2007, 2008, 2010, 2012 e 2013) e permitiram, a manutenção desses equipamentos e a compra de reagentes e pequenos aparelhos de apoio à preparação de amostras até 2014. Com recursos do CNPq, também foi feita manutenção de pequenos equipamentos e compras de pequenos aparelhos de apoio à preparação de amostras, além de reagentes.
A diretoria da UFLA, reconhecendo a importância do LME vem ao longo dos anos apoiando e investindo nesta importante Central Multiusuária de apoio à pesquisa científica e tecnológica. Em 2013 a instituição aprovou a construção de um novo prédio no valor de mais de R$ 2.000.000,00, onde o LME foi contemplado com uma área para melhor atender às crescentes demandas de pesquisa, ensino, inovação, extensão e também de espaço para novos equipamentos. A estrutura destinada ao LME possui 375m², foi entregue e vem funcionando desde 2015, com novas e amplas salas para acomodar os equipamentos existentes e novos equipamentos que possam ser adquiridos. Por meio do CT INFRA 2012, da FINEP, foi adquirido um sistema de microscopia laser confocal Zeiss LSM 780, que foi instalado em 2014. Foi também adquirido em 2015, com recursos do INCT-Café/CNPq, um Microscópio de Epifluorescência BX51 da Olympus, equipado com acessórios para estudos genéticos. Em 2015 foi preparado um subprojeto para o CT-INFRA da FINEP solicitando um Sistema de Microscopia e Espectroscopia de Raman e um sistema de Microscopia de Força Atômica. Este subprojeto foi aprovado e os sistemas foram instalados em 2022 após a pandemia da Covid 19, que atrasou um pouco a aquisição dos equipamentos. Em 2016 a coordenação do LME preparou um projeto para submissão dentro do Edital FINEP- Centros Nacionais Multiusuários. O projeto foi submetido e aprovado, tendo o LME com esse recurso adquirido e instalado um novo sistema de microanálise de raios X para o MEV Evo 40 e um Microscópio MEV-STEM de alta resolução com sistema de Microanálise de Raios X, que se encontra em funcionamento desde meados de 2021. Foi também financiada a manutenção dos equipamentos de alto custo do laboratório por 4 anos.